Năm đó là năm 2148. Hai năm sau khi kết thúc phần Fafner gốc trong loạt phim truyền hình Azure, Đảo Tatsumiya và những cư dân sống sót của nó đã trở lại bình phục. Tuy nhiên, mọi thứ đã trở nên tuyệt vọng với anh hùng của chúng ta, Kazuki; gần như mù bây giờ, và bị tê liệt một phần sau trận chiến với Festum hai năm trước đó, anh ta tuân theo lời hứa mà người bạn đã mất của anh ta là Soushi đã hứa với anh ta là quay trở lại hòn đảo và ổn định lại mọi thứ.