Luôn luôn có những kẻ tìm cách để giam giữ và bắt những Pokémon hiếm - và cũng luôn có những người sẽ bảo vệ những Pokémon đặc biệt này khỏi thế lực xấu xa. Bốn mươi năm trước, đã có một điều gì đó đã xảy ra khi Celebi đang chạy trốn một thợ săn hung hãn, và một Người huấn luyện trẻ tuổi Sammy đã lao đến giải cứu.