Một thị trấn bình dị bị ném vào hỗn loạn khi hai Pokémon mạnh mẽ, Dialga và Palkia, băng qua các con đường và chiến đấu, làm sai lệch chiều không gian và thời gian. Hy vọng duy nhất đến từ Darkrai, một Pokémon bóng tối bị người dân thị trấn xa lánh.